Pierwsze fajki wodne były wytwarzane w północno-zachodnich Indiach – podobno w następstwie sprowadzenia tam tytoniu przez Jezuitów. Według podań składały się z kija bambusowego wkręconego w łupinę orzecha kokosowego, skąd pochodzi funkcjonujące głównie na Bałkanach i Bliskim Wschodzie określenie nargila (również narghila, nargile) od perskiego słowa nārghile oznaczającego „kokos”.

Bliższa nam nazwa, shisha, bądź też w wersji spolszczonej – szisza, pochodzi z kolei od perskiego shīshe oznaczającego „szkło”, bowiem to właśnie po przybyciu fajki wodnej z Indii do Persji (około XVI wieku) powstała najczęściej dziś spotykana jej wersja ze szklanym dzbanem.
Angielskie słowo hookah zostało zapożyczone z języków: urdu حقّہ lub hindi हुक़्क़ा huqqā, bądź też z arabskiego حقة ḥuqqa oznaczającego “naczynie". Irańczycy fajkę wodną określają wyrazem ghalyan, zaś Rosjanie – pokrewnym mu кальян. W XVII wieku, gdy ów wynalazek dotarł do Turcji, zaczęto dostrzegać w nim symbol prestiżu oraz wspólnego spędzania czasu w gronie najbliższych. To właśnie z Imperium Osmańskiego fajka wodna rozeszła się aż po najdalsze regiony świata arabskiego.

Shisha stała się integralną częścią kultury krajów arabskich, a wspólne jej palenie w gronie zarówno mężczyzn jak i kobiet, było i jest do dnia dzisiejszego wyrazem gościnności.
Wyjątkowo intensywny sposób korzystania z fajki wodnej został opracowany w Egipcie, gdzie bezpośrednio na tytoń odmiany zaghloul (ten sam, z którego produkowana jest Nakhla) kładzie się rozpalony węgielek – całe doświadczenie trwa zaledwie kwadrans, co znacząco różni się od standardowych, długich sesji przy shishy.

W Europie, wywodząca się z Turcji współczesna forma shishy od XX wieku stanowiła alternatywę wobec palenia tradycyjnego tytoniu. Dziś w wielu krajach Starego Kontynentu jest to coraz popularniejsza forma spędzania czasu, a do największych miłośników fajki wodnej należą mieszkańcy Niemiec, Hiszpani, Brazylii, USA, Rosji i Ukrainy. W ostatnich latach shisha upowszechniła się również w Polsce, na co wskazuje stale rosnąca liczba lokali, w których jest ona głównym punktem ich oferty.